Apesar de estarem vinculados a uma Instituição, os Comitês de Ética atuam de forma independente sendo compostos por uma comissão colegiada constituída por profissionais de diferentes áreas. Em termos estruturais, os CEPs são orientados por Resoluções e Normas definidas pelo Ministério da Saúde através da Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP) institucionalmente vinculada ao  Conselho Nacional de Saúde (CNS). Para a realização dos pareceres é realizada através da Plataforma Brasil, ferramenta eletrônica criada pelo Sistema Nacional de Informação sobre Ética em Pesquisas envolvendo Seres Humanos (SISNEP).